Historia modelu MR2 sięga roku 1976, gdy Toyota oficjalnie zainaugurowała projekt. Niestety, światowy kryzys paliwowy wstrzymał jego rozwój. Wznowiono go w 1980 roku. Miało to być popularne sportowe auto przeznaczone szczególnie na dynamicznie rozwijający się rynek północnoamerykański.

Jego sprzedaż w Japonii ruszyła w czerwcu 1984. Pół roku później auto pojawiło się w europejskich salonach obok sportowych modeli celica i supra. Na rynku japońskim model był początkowo sprzedawany w trzech wersjach wyposażenia, z dwoma silnikami do wyboru: 122-konnym o poj. 1.6 l oraz 145-konnym, doładowanym. Nawet z silnikiem wolnossącym toyota MR2 była szybka, rozwijając prędkość maksymalną 200 km/h i rozpędzając się od 0 do 100 km/h w 8,2 sekundy.

Co ciekawe, model ten wybrano w Japonii Samochodem Roku 1984-85 i to mimo ostrej konkurencji w postaci nowej hondy CR-X i nissana laurel. Zalety można było poznać na arenie sportowej. W Wielkiej Brytanii i USA rozgrywano zawody MR2, zaś zespół Toyota Team Europe opracował rajdową MR2 z oznaczeniem 222D, mającą konkurować z takimi autami jak peugeot 205 T16 czy audi quattro.

Druga generacja MR2 odziedziczyła po pierwszej centralne położenie silnika i wyjątkową przyjemność prowadzenia. Prócz tego zyskała bardziej wyrafinowaną stylistykę, lepszą ergonomię, wyższą jakość wykończenia wnętrza oraz mocniejsze silniki.

Model trafił do sprzedaży w Japonii w październiku 1989. Był o 245 mm dłuższy, 30 mm szerszy i 10 mm niższy od poprzednika. Miał też o 80 mm większy rozstaw osi. Dostępny był w dwóch wersjach nadwozia — coupé i półotwartym typu targa ze wzdłużnym wspornikiem.

Od początku MR2 drugiej generacji oferowano z trzema rodzajami dwulitrowych, 16-zaworowych silników: podstawową jednostką o mocy 119 KM z modelu carina, wolnossącym o mocy 165 KM i 225-konnym turbodoładowanym. Większy moment obrotowy nowych silników z nawiązką rekompensował wzrost masy własnej nowej wersji MR2 do 1160–1285 kg.

Druga generacja MR2 utrzymała się w produkcji długo, bo aż przez 10 lat. Powstały też dwie specjalne wersje auta na rynek krajowy, opracowane przez Toyota Racing Development. W 1996 roku na rynek trafił TRD Technocraft MR Spider z miękkim dachem, a rok później model TRD 2000GT. Ta druga limitowana edycja, inspirowana wyczynowymi MR2 startującymi z powodzeniem w japońskich mistrzostwach GT, miała też delikatnie podrasowany silnik 3S-GTE. Jego moc zwiększono do 245 KM.

Po raz trzeci Toyota zaskoczyła konkurencję, pokazując w 1997 roku na tokijskiej wystawie koncepcyjny roadster MR-S. Od strony technicznej nie był to bezpośredni następca Toyoty MR2 drugiej generacji, która wyewoluowała do grand tourera. Główny inżynier Tadashi Nakagawa powiedział, odnosząc się do tendencji stopniowego zwiększania wymiarów kolejnych generacji pojazdów, że auto „przerwało cykl wzrostu”. Tu wszystko miało być mniejsze: wymiary, silnik, moc, masa i cena. Samochód miał być też znacznie prostszy w produkcji, wytwarzany w podobnej specyfikacji dla wszystkich krajów.

Produkcja trzeciej generacji auta ruszyła w październiku 1999 roku. Samochód otrzymał nazwę MR-S — taką samą, jak jego koncepcyjny protoplasta. Co ciekawe, nowy model był znacznie lżejszy od pierwszej generacji (od 960 kg) przy bogatym wyposażeniu. Przestrzeń bagażową o pełnej szerokości i pojemności 78 l wygospodarowano za fotelami.

Zgodnie z decyzją o uproszczeniu produkcji, samochód oferowany był na całym świecie z tym samym silnikiem tzn. wykonaną ze stopów lekkich jednostką o pojemności skokowej 1.8 l i mocy 138 KM. Miał najlepszy w swojej klasie stosunek mocy do masy. Prasa motoryzacyjna chwaliła go też za doskonałą dynamikę prowadzenia.

Sprzedaż modelu MR2, podobnie jak celiki, zakończyła się w USA i Australii z końcem roku modelowego 2005, a w Japonii, Meksyku i Europie trwała do roku 2007, gdy zakończono produkcję.